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磁共振收費是按照平掃也就是普通掃查、增強、腦功能成像、心臟功能檢查、血管成像等項目，以及輸出功率不同進行收費的。輸出功率分0.5-1T、3.0T及以上兩個檔次。另外，檢查的費用根據(jù)所在地區(qū)等級不同，價格也會有所不同。
以二線城市為例，不分醫(yī)院等級，根據(jù)物價部門規(guī)定，磁共振平掃0.5-1T每個部位360元，3.0T及以上每個部位680元；增強掃描0.5-1T每個部位400元，3.0T及以上每個部位960元；腦功能成像0.5-1T一次480元，3.0T及以上每次880元；心臟功能檢查0.5-1T每次480元，3.0T及以上每個部位960元；磁共振血管成像0.5-1T每個部位480元，3.0T及以上每個部位680元。