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自閉癥的病因和發(fā)病機(jī)制，目前尚未完全闡述清楚。學(xué)者們和臨床醫(yī)生認(rèn)為，遺傳與環(huán)境多種病因綜合作用于中樞神經(jīng)系統(tǒng)，導(dǎo)致自閉癥的出現(xiàn)。遺傳因素對(duì)自閉癥的作用是明確的，家系研究發(fā)現(xiàn)，在自閉癥患者的同胞自閉癥患病率為50%，自閉癥同卵雙生和異卵雙生子的患病率分別為96%和27%。常染色體2號(hào)和7號(hào)上，有自閉癥相關(guān)基因，約15%的患者存在基因突變。學(xué)者們還發(fā)現(xiàn)5-HT神經(jīng)遞質(zhì)和γ-氨基丁酸抑制系統(tǒng)異常，與自閉癥的發(fā)生也有關(guān)系。腦影像學(xué)研究顯示，不同年齡階段的自閉癥患者腦體積，與正常對(duì)照是有差異的，也就是患者在大腦發(fā)育可塑性關(guān)鍵期存在異常。同時(shí)，還有研究發(fā)現(xiàn)，胎兒的淋巴細(xì)胞對(duì)母體抗體產(chǎn)生反應(yīng)，導(dǎo)致胎兒神經(jīng)系統(tǒng)受損的可能性增加，也讓患者出現(xiàn)自閉癥的概率增加。