手足口病腦炎大部分沒(méi)有后遺癥，僅有少數(shù)留有神經(jīng)系統(tǒng)的后遺癥。手足口病根據(jù)發(fā)病機(jī)制和臨床表現(xiàn)、感染分為5個(gè)期：
第一期，手足口出疹期，也就屬于手足口病的普通病例，絕大多數(shù)病例在此期完全治愈。
第二期，神經(jīng)系統(tǒng)受累期，感染可發(fā)生在中樞神經(jīng)系統(tǒng)的損害多發(fā)生在病程的1-5天，表現(xiàn)為有精神差、嗜睡、易驚、頭疼、嘔吐、煩躁、肢體抖動(dòng)、急性肢體無(wú)力、頸強(qiáng)直等腦膜炎、腦炎、脊髓灰質(zhì)炎樣綜合征、脊髓炎癥狀和體征，腦脊液檢查無(wú)細(xì)菌腦膜炎的改變，腦脊髓CT掃描可無(wú)陽(yáng)性的發(fā)現(xiàn)。核磁共振檢查可見(jiàn)異常，此期病例屬于手足口病重癥型的重病例，大多數(shù)病例是可以痊愈的。
第三期，心肺功能衰竭前期。
第四期，心肺功能衰竭期，多發(fā)生在起病的5天之內(nèi)。衰竭期病情繼續(xù)發(fā)展，會(huì)出現(xiàn)心肺功能的衰竭，可能與腦干腦炎所致的神經(jīng)源性的肺水腫、肺功能衰竭有關(guān)，多發(fā)生在病程5天之內(nèi)，年齡以0-3歲為主，臨床表現(xiàn)有心動(dòng)過(guò)速、呼吸急促、口唇發(fā)青、咳粉紅色泡沫樣痰和血性液體、持續(xù)血壓降低或休克。這種病例嚴(yán)重的肺功能衰竭為主要表現(xiàn)，肺水腫不明顯，頻繁抽搐，可伴有意識(shí)障礙和中樞神經(jīng)的循環(huán)衰竭，此期屬于手足口病重癥病例的危重型，病死率較高，能好過(guò)來(lái)活過(guò)來(lái)大多數(shù)人是可以恢復(fù)的。
第五期、體溫恢復(fù)正常進(jìn)入恢復(fù)期了，對(duì)于神經(jīng)系統(tǒng)受累的癥狀和心肺功能也逐漸恢復(fù)，但少數(shù)可以有神經(jīng)系統(tǒng)的后遺癥狀，就是少數(shù)可以有神經(jīng)的后遺癥。
