對(duì)于唇腭裂的原因來(lái)講，引起發(fā)育和綜合障礙的確切原因或發(fā)病機(jī)理現(xiàn)在尚未完全明了。大概通過(guò)實(shí)驗(yàn)和流行病學(xué)的觀察以及調(diào)查結(jié)果，可分為多種因素影響的，而非單一因素所致。一般包括遺傳因素和環(huán)境因素兩個(gè)方面，并與營(yíng)養(yǎng)、遺傳、環(huán)境、內(nèi)分泌等因素有關(guān)。
遺傳原因，唇腭裂的患者發(fā)現(xiàn)其旁系親屬以及直系親屬中也有類似的畸形發(fā)生，所以證明唇腭裂的畸形可能與遺傳有一定的關(guān)系。
環(huán)境因素影響指的是胚胎發(fā)育時(shí)期，母體在整個(gè)過(guò)程中構(gòu)成了胚胎發(fā)育的環(huán)境條件。因此在妊娠期前三個(gè)月，當(dāng)母體受到生理狀態(tài)的侵襲或者干擾時(shí)，就可能發(fā)生或者影響胚胎頜面部的發(fā)育畸形。
如果在母體三個(gè)月之內(nèi)出現(xiàn)了營(yíng)養(yǎng)缺乏，或者母體受到感染損傷，或者內(nèi)分泌影響，或母體在懷孕的前期有各種精神性的創(chuàng)傷，以及在母體懷孕時(shí)有吃過(guò)藥物，比如抗腫瘤的藥物或抗驚厥的藥物等，這些藥物都會(huì)引起唇腭裂的發(fā)生。
母體懷孕時(shí)，孕婦接觸過(guò)放射線或者微波等，都可能影響胎兒的發(fā)育。有研究表明，妊娠早期大量吸煙、酗酒，與其子女的唇腭裂的發(fā)生率比無(wú)飲酒嗜好的婦女要高得多，因而也可以說(shuō)吸煙、飲酒也可能是導(dǎo)致唇腭裂發(fā)生的原因之一。
