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兒童腦腫瘤的原因如同其他類型的腫瘤一樣，在病因上還不十分清楚，但是兒童腦腫瘤在相當程度上與胚胎組織的殘余有關，例如表皮樣囊腫、畸胎瘤、顱咽管瘤、新生兒的脈絡叢乳頭狀瘤等都與胚胎組織的殘留有關系。除此之外，神經母細胞瘤、神經纖維瘤病等與遺傳因素有關。此外，基因突變、癌基因和抑癌基因的異常表達也與兒童腦腫瘤的發(fā)生有一些關系。某些具有致癌作用的化學物質、致瘤病毒和放射線等，也與兒童腦腫瘤的發(fā)生有一些關系。