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手足口病傾向于臨床診斷，因為必須有臨床癥狀，必須手、足的部位有皮疹。導致手足口病的病毒也有可能不出現(xiàn)皮疹，僅僅導致皰疹性咽峽炎，這時不能稱作手足口病。判斷新生兒是否是手足口病的方法，首先是檢測病原體，其次也要看癥狀。相應病原體的檢測，一般只有柯薩奇病毒A組16型以及腸道病毒71型的診斷，如果實驗室條件能夠達到，也可以檢測柯薩奇病毒A組6型，以及其他類型的病毒。確診這些病毒感染，并不能診斷手足口病，必須新生兒的手、足或者肛周的部位，有紅色的丘疹以及皰疹，才能診斷手足口病。如果僅僅有病毒感染，并沒有出現(xiàn)皮疹，并不能診斷手足口病。