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引起克羅恩病的確切病因現(xiàn)在還不清楚，目前知道一些相關(guān)的影響因素，比如飲食因素、細(xì)菌感染、自身免疫因素，有的認(rèn)為跟創(chuàng)傷或者心理因素也有相關(guān)系，所以它是多因素作用的結(jié)果。
在這些因素當(dāng)中，目前認(rèn)為克羅恩病跟腸道內(nèi)菌群紊亂或者某些細(xì)菌的感染可能有一定的關(guān)系。還跟自身免疫有很大的相關(guān)性，因為除了腸道的病變以外，很多人全身其它部位也可以出現(xiàn)跟免疫相關(guān)的病變，比如結(jié)節(jié)性紅斑，或者關(guān)節(jié)炎、關(guān)節(jié)的病變等其它跟免疫相關(guān)的。所以現(xiàn)在很多專家認(rèn)為，克羅恩病的發(fā)生跟自身免疫有很大的相關(guān)性。