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牙石表面的牙菌斑是牙周炎的主要致病因素，牙菌斑有很多種細菌組成，大部分細菌為口腔內(nèi)正常菌群，少數(shù)為致病菌，每一種牙周炎的病損區(qū)常會有一種或幾種優(yōu)勢菌，他們的毒力很強，可以造成牙周組織破壞.
例如最常見的慢性牙齦炎，其主要致病菌是牙齦卟啉單胞菌，該細菌是公認的致病菌，是病變區(qū)域最主要的優(yōu)勢細菌，對慢性牙周炎有促進作用。發(fā)生于年輕人口內(nèi)的侵襲性牙周炎，牙周破壞程度比較嚴重，患者常在二十歲左右口內(nèi)牙齒可以出現(xiàn)松動、脫落。該疾病的主要致病菌為伴放線放線桿菌，該細菌可以降低宿主的自身抵抗力，同時會造成牙槽骨吸收及軟組織破壞，促使附著喪失，形成牙周袋。部分重度牙周炎患者口腔內(nèi)還可以存在福賽坦氏菌，常與牙齦卟啉單胞菌等一起在病變部位檢出，并且吸煙患者口內(nèi)福賽坦氏菌較多。