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兒童做頭部CT沒有太大的危害，CT是通過X線進行掃描，主要的副作用可能存在輻射的問題，但是做頭部CT時候輔射的量非常小，在人體的承受范圍之內，不會對兒童造成任何危害。通過頭顱CT的平掃，可以對患者顱內血管的問題或顱內疾病進行診斷。
兒童如果懷疑是腦部腫瘤或腦外傷，一定要做頭部CT檢查，做出初步的判斷。頭部CT檢查在臨床上比較廣泛，主要用于腦出血、腦外傷、顱內的血腫、蛛網膜下腔出血、腦梗死、腦部的腫瘤、腦部的占位，還有腦積水、腦萎縮、腦部的寄生蟲病、腦炎等疾病作出診斷。