生理期同房有可能會導致月經(jīng)不調(diào)，但主要不是導致月經(jīng)不調(diào)，月經(jīng)不調(diào)往往指的是幾個維度的異常，包括月經(jīng)周期異常、月經(jīng)持續(xù)時間異常以及月經(jīng)量異常等。以上幾個異常往往是最常見的引起生殖激素、內(nèi)分泌激素紊亂的原因。如果生理期同房導致了慢性盆腔炎、慢性子宮內(nèi)膜炎等，反過來也可能會引起不規(guī)則出血，導致月經(jīng)不調(diào)。
生理期同房，最直接的影響是可能會導致生殖道逆行性感染，陰道有正常的常住菌，在生理期同房時，宮頸處于開放的狀態(tài)，常住菌就可能會隨著性行為連同外部的細菌一同進入到宮腔，而血液又是細菌很好的培養(yǎng)基，就有可能導致宮腔的感染。宮腔跟輸卵管相通，輸卵管和盆腔相通，所以生理期同房最可怕的就是導致宮腔，甚至盆腔的感染，因此，從生理衛(wèi)生角度來說，不推薦生理期同房。
