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對于引起扁桃體發(fā)炎的原因，如果是急性扁桃體炎，乙型溶血性鏈球菌感染為本病的主要致病菌，非溶血性鏈球菌、葡萄球菌、肺炎鏈球菌、鼻病毒、腺病毒等病毒感染，也可以引起本病，細(xì)菌和病毒的混合感染也不少見，近年來還有研究發(fā)現(xiàn)，厭氧菌以及革蘭氏陰性菌感染有上升的趨勢。正常人的咽部以及扁桃體隱窩都存有某種病原體，機體免疫力正常時，這些病原體不會對機體造成影響，但是當(dāng)人體免疫力降低時，病原體可以大量繁殖，毒素破壞扁桃體隱窩的上皮，細(xì)菌侵入扁桃體實質(zhì)而發(fā)生炎癥，常見的誘因有受涼、在潮濕的環(huán)境中生活、過度勞累、煙酒過度、有害氣體的刺激、上呼吸道有慢性病灶等。急性扁桃體炎的病原體可以通過飛沫或者直接接觸而傳染，通常為散發(fā)性，很少在群體中暴發(fā)流行。對于慢性扁桃體炎患者，鏈球菌和葡萄球菌是本病的主要致病菌。
反復(fù)發(fā)作的急性扁桃體炎使隱窩上皮壞死，細(xì)菌炎性滲出物聚集在隱窩當(dāng)中，隱窩引流不暢后導(dǎo)致本病發(fā)生、發(fā)展，同時也可繼發(fā)于猩紅熱、白喉、流感、鼻腔以及鼻竇的感染之后，慢性扁桃體炎的發(fā)病機制尚不明確，部分研究表明，可能與自身變態(tài)反應(yīng)有關(guān)。