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1、體格檢查：
（1）皮膚黏膜檢查：觀察有無黃疸、瘀點、瘀斑、蜘蛛痣，四肢有無水腫。
（2）腹部體格檢查：叩診和觸診，觀察是否有肝大、脾大的情況，有無肝臟壓痛、觸痛，有無腹水。
2、實驗室檢查：
（1）肝功能檢查：
（1）自身免疫性肝炎的肝功能檢查可有血清轉(zhuǎn)氨酶升高，早期患者膽紅素水平正?；騼H有堿性磷酸酶水平輕度升高。
（2）原發(fā)性膽汁性肝硬化表現(xiàn)為堿性磷酸酶、5-核苷酸酶、γ-谷氨酰轉(zhuǎn)肽酶顯著升高，血清轉(zhuǎn)氨酶輕度增高，血清膽紅素早期正常，晚期隨疾病進展而上升。
（3）原發(fā)性硬化性膽管炎主要變現(xiàn)為膽汁淤積，AKP、γ-GT活性增高，且持續(xù)6個月，血清膽紅素和白蛋白初始正常，隨疾病進展可出現(xiàn)異常，晚期可出現(xiàn)低白蛋白血癥及凝血功能障礙。
（2）免疫學(xué)檢查：
（1）自身免疫性肝炎可有γ球蛋白升高，血液循環(huán)中檢岀自身抗體，包括抗核抗體(ANA)、抗平滑肌抗體(SMA)、抗中性粒細胞漿抗體(pANCA)、抗可溶性肝抗原抗體(抗-SLA)、抗肝胰抗體(抗LP)、抗-肌動蛋白抗體(抗-actin)、抗肝腎微粒體抗體(抗-LKM1)、抗1型肝細胞溶質(zhì)抗原抗體(抗LC1)等。
（2）原發(fā)性膽汁性肝硬化患者血清免疫球蛋白增加，特別是IgM。還可發(fā)現(xiàn)許多血清自身抗體，包括抗核抗體、抗血小板抗體、抗甲狀腺抗體、抗著絲?？贵w、抗SS-A、狼瘡抗凝物質(zhì)檢測、抗-烯醇化酶、淋巴細胞毒抗體)等，但AMA及抗核孔復(fù)合物成分的抗體與原發(fā)性膽汁性肝硬化最密切相關(guān)。
（3）原發(fā)性硬化性膽管炎約有30%的患者可出現(xiàn)高γ球蛋白血癥，約50%的患者可伴有IgG或lgM水平的輕至中度增高。部分原發(fā)性硬化性膽管炎患者可見IgG4輕度增高(9%~36%)，需與IgG4相關(guān)膽管炎鑒別。約超過50%原發(fā)性硬化性膽管炎患者血清中可檢測出多種自身抗體，包括抗核抗體(ANA)、抗中性粒細胞胞質(zhì)抗體(pANCA)、抗平滑肌抗體(SMA)、抗內(nèi)皮細胞抗體、抗磷脂抗體等。
3、影像學(xué)檢查：自身免疫性肝病進展到肝硬化的患者，肝臟超聲可有肝內(nèi)回聲分布不均勻，有所增粗，呈結(jié)節(jié)樣、波紋狀、鋸齒狀改變、門靜脈內(nèi)徑增寬、肝緣變鈍等表現(xiàn)。
4、肝組織學(xué)檢查：對自身免疫性肝病的的診斷和治療非常重要，特征性肝組織學(xué)表現(xiàn)包括界面性肝炎、淋巴漿細胞浸潤、肝細胞玫瑰花環(huán)樣改變、淋巴細胞穿入現(xiàn)象和小葉中央壞死等。對于原發(fā)性膽汁性肝硬化患者來說，肝活檢有助于疾病的分期和診斷。