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沒有什么檢查能夠代替核磁共振，每一種影像學檢查方法，它使用的原理是不同的，所以對疾病檢查的側重點也是不同的，比如核磁共振，它對軟組織的分辨率是比較高的，而CT對骨組織、對密度的分辨率比較高，所以兩者是互補的，不能夠替代。
有些疾病可能需要做CT的檢查，比如腦出血，但是也有些缺血性的病灶，更適合做核磁共振的檢查，所以很多疾病都是需要兩種影像學檢查方式同時做，起到互補、幫助診斷的作用。核磁共振對某些疾病，比如早期的腦梗塞或者乳腺的占位性病變，以及頸椎、腰椎等脊柱的病變，都是有著獨特價值的。