生殖器官小是很多男性患者比較苦惱的事情，其病因主要分為三大方面，具體如下：
第一、促性腺激素分泌不足的性腺功能減退，其中又分為，一個(gè)是腦組織結(jié)構(gòu)異常，比如下丘腦、垂體、胼胝體等發(fā)育不良或者小腦畸形，導(dǎo)致促性腺激素分泌不足引起小陰莖。另一個(gè)是無腦組織異常的先天性促性腺激素釋放激素缺乏，此類原因是引起小陰莖的最常見原因，但具體病因不清，多為各種綜合征，據(jù)研究與染色體基因異常有關(guān)，還有因內(nèi)分泌生化代謝異常導(dǎo)致的促性腺激素釋放激素LH等缺乏癥。
第二、促性腺激素分泌過多的性腺功能減退，這類人的下丘腦、垂體分泌功能均正常，但是在妊娠后期睪丸出現(xiàn)退行性變，導(dǎo)致睪酮分泌減少。也就是引起小陰莖的原因主要在睪丸本身，例如先天性睪丸缺如、睪丸下降不全等。
第三、原發(fā)性小陰莖，也就是除了上述的原因以外，還有少部分人下丘腦-垂體-睪丸軸激素分泌正常，但是仍然有小陰莖畸形，有一部分人到了青春期又能夠增長(zhǎng)，病因不清楚，推測(cè)有可能是胚胎后期促性腺激素刺激延遲、一過性睪酮分泌下降等原因。也有少部分患者可能為雄激素受體的異常，以及性染色體的異常。
