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不同的代謝病治療的方法也有所不同，大多代謝病缺少根治的方法，具體如下：
1、針對糖代謝紊亂導(dǎo)致的糖尿病，比如1型糖尿病，主要采用替代的方法，通過注射胰島素，以補充胰島β細胞分泌胰島素不足，比如高乳酸血癥，可以通過減少由于酶缺陷而引起的底物聚積，使用無高乳酸的食物來進行治療。
2、針對腎小管酸中毒所導(dǎo)致的低血鉀和高氯性酸中毒，可以采用碳酸氫鈉來糾正酸中毒，并補充枸櫞酸鉀。
3、針對酯代謝紊亂導(dǎo)致的高膽固醇血癥，可以給予他汀類藥物進行治療。