治療百日咳的特效藥通常分為三大類，具體如下：
第一、針對百日咳桿菌所選擇的抗生素，通常特效的抗生素是大環(huán)內(nèi)酯類藥物，如紅霉素、羅紅霉素、阿奇霉素、克拉霉素等。
第二、針對痙攣性咳嗽采用止咳、鎮(zhèn)咳、化痰的藥物，必要的時候還可能要用大劑量的激素，來緩解嚴(yán)重咳嗽、支氣管痙攣導(dǎo)致的各種臨床癥狀和體征。
第三、生命器官支持所需要用的藥物，如嚴(yán)重的百日咳可能有混合感染，可能有嚴(yán)重的缺氧導(dǎo)致的呼吸衰竭，因此臨床要針對嚴(yán)重缺氧、呼吸困難采取相應(yīng)的藥物治療，尤其是大劑量的激素，既可以緩解嚴(yán)重感染導(dǎo)致的嚴(yán)重反應(yīng)，也可以緩解痙攣性咳嗽導(dǎo)致的嚴(yán)重缺氧。
除此以外，可以氧療，必要的時候氣管插管、氣管切開、呼吸機(jī)支持，這些都是治療百日咳過程中，所需要的各種不同類型的病因治療、對癥處理、支持治療的方法。
