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肝性腦病的發(fā)病機制較為復雜，目前多數(shù)認為肝性腦病的發(fā)生是由多種綜合因素所致，較為重要的學說是氨中毒學說，氨代謝紊亂引起的氨中毒是肝性腦病的重要發(fā)病機制。
肝功能衰竭時肝臟將氨合成尿素的能力減退，門體分流存在時腸道的氨未經肝臟解毒，直接進入體循環(huán)，使血氨升高，血氨過高可干擾腦內三羧酸循環(huán)，降低高能磷酸化合物的水平。
除氨中毒學說以外，還有假性神經遞質學說、氨基酸代謝失衡學說等，這些發(fā)病機制決定了肝性腦病的治療方案。