肛瘺一旦確診需盡早手術(shù)治療，手術(shù)治療可減少局部反復(fù)化膿，防止形成復(fù)雜性肛瘺，減輕患者痛苦，使肛門功能不受影響，還可防止肛瘺癌變。
保守治療只能緩解癥狀，不能徹底治愈。肛瘺的傳統(tǒng)手術(shù)方式包括肛瘺切開術(shù)、肛瘺切除術(shù)、肛瘺掛線術(shù)，一般低位單純性肛瘺可采用肛瘺切開或肛瘺切除術(shù)；
高位肛瘺則需采用掛線術(shù)。目前新出現(xiàn)的治療肛瘺的辦法，包括括約肌間瘺管結(jié)扎術(shù)、肛瘺栓、纖維蛋白膠注射療法等，可不損傷肛門括約肌，但復(fù)發(fā)率較高，費用也較高。
