任何一個實驗在診斷腫瘤的時候都是一種輔助的實驗，所以腫瘤標志物也不是100%的能夠診斷腫瘤，也存在很多的不足之，具體如下：
1、腫瘤標志物的靈敏度并不是固定的，這個靈敏度取決于腫瘤的類型、組織結構、組織學分級、腫瘤分化、腫瘤分期等；
2、大部分的腫瘤標志物并非惡性腫瘤所特有的，所以并不是說腫瘤標志物增高就一定是惡性腫瘤。非惡性腫瘤細胞也可以分泌腫瘤標志物，特定的組織和器官的正常細胞也有可能合成腫瘤標志物，非腫瘤性的病變，或者治療的副作用，可以導致分泌腫瘤標志物的組織的損傷，從而使結果可以呈現(xiàn)假陽性，并在沒有惡性腫瘤的情況下腫瘤標志物的水平升高，比如有些腫瘤標志物在治療過程當中可以升高，但是這種標志物的升高是沒有腫瘤的，所以會給臨床造成一定的假象，造成患者緊張，這種情況是存在的；
3、在腫瘤患者的長期的監(jiān)測當中，患者如果要更換就醫(yī)、就診的醫(yī)院或者臨床實驗室，因為檢測試劑和方法學的不同，同一個腫瘤標志物其結果就可能出現(xiàn)差異，為此同一例患者在治療前后或者在隨訪過程當中，應該盡可能的采用同一種方法和試劑，在患者監(jiān)測當中如果要更改腫瘤標志物的檢測的方法和試劑，應該重新設定患者的基準水平或者基線水平。所以有的患者為了腫瘤標志物的檢測跑不同的醫(yī)院做，然后把幾個結果拿來比對，這種方法是不可取的，腫瘤標志物要檢測最好在同一家醫(yī)院、同一個儀器、同一個試劑的情況下做，這種方法學是比較可靠的。不能夠在幾家醫(yī)院測了以后拿來做比對，這種是不對的。
