隱球菌腦膜炎的治愈率不理想，雖然起病比較慢，但是治療比較困難，總的有效率可能只有50%左右，治愈率可能只有30%左右。隱球菌腦膜炎的治愈率與早期診斷、早期治療是否及時很關鍵，同時藥物的選擇對隱球菌腦膜炎的治愈率也非常關鍵。
臨床用于治療隱球菌腦膜炎的藥物，首選是兩性霉素B，同時還要聯(lián)合氟康唑或者氟胞嘧啶進行治療。兩性霉素B的副作用比較大，臨床一般從小劑量開始逐漸加量，因為病人不耐受，甚至耐藥的情況，容易導致隱球菌腦膜炎治療不徹底，影響療效、影響治愈率，因此隱球菌腦膜炎的病死率比較高。
