男性尿道感染的常用的藥物就是抗生素。因為尿道的感染歸根結底還是常見的致病菌，比如大腸桿菌入侵進入尿道所致，所以常用的藥物比如左氧氟沙星類喹諾酮類的抗生素，或者是頭孢類抗生素如頭孢克洛，再一類就是磷鎂素。
一般上述三大類的抗生素都可以使用，因為藥物覆蓋的菌譜大部分都可以覆蓋，絕大多數(shù)的尿道感染的細菌。治療的療程一般是7-10天，在用藥7-10天之后，一定要再次復查尿常規(guī)，直到尿常規(guī)中白細胞轉陰，治療才算終止。
如果患者同時合并尿頻、尿急、尿痛等癥狀比較重，也可以再服用讓男性的前列腺不充血、水腫減輕，或者膀胱尿道黏膜充血、水腫減輕的中成藥，比如三金片、癃清片等，都可以讓患者的癥狀有較快的改善。在治療的同時，一定要囑患者多飲水，可以有效沖刷尿道，這樣好得會更快。
