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男孩尿道下裂發(fā)生為多種原因共同作用的結(jié)果，可能在胚胎性別發(fā)育過程中有內(nèi)分泌缺陷、紊亂或者其它各種原因，使尿道溝從根部到頭部的融合發(fā)生停滯。隨后形成不同類型的尿道下裂，目前證實原因可能有雄激素受體異常、遺傳基因突變、內(nèi)分泌失調(diào)，及細胞間信息傳遞、表皮生長因子表達降低或環(huán)境因素。

目前尿道下裂發(fā)病率顯著上升，可能與環(huán)境中廣泛存在雌激素或抗雄激素物質(zhì)污染有關(guān)。環(huán)境污染使正常激素發(fā)生改變而產(chǎn)生畸形，在尿道下裂過程中染色體畸變。性染色體異常、常染色體異常均有可能會導(dǎo)致尿道下裂，且尿道下裂與遺傳相關(guān)。有20%-25%的病例明確有家族遺傳史，且患尿道下裂可能性比正常人高10倍左右。此外，出生體重較低也為尿道下裂的高風(fēng)險因素。