免疫系統(tǒng)疾病發(fā)病原因目前尚未明確，可能與以下幾個相關(guān)因素：
1、遺傳因素，免疫系統(tǒng)疾病中有許多疾病與基因有關(guān)，例如系統(tǒng)性紅斑狼瘡、強直性脊柱炎、類風(fēng)濕關(guān)節(jié)炎等，比如HLA-B27與強直性脊柱炎有關(guān)；
2、感染因素，包括細(xì)菌感染、病毒感染，在免疫系統(tǒng)疾病發(fā)生中也起到一定作用；
3、內(nèi)分泌因素，包括雌激素水平、甲狀腺激素等，在免疫系統(tǒng)疾病中也發(fā)揮著一定作用，比如系統(tǒng)性紅斑狼瘡常發(fā)生在生育年齡女性，年輕的女性更多見；
4、環(huán)境因素，包括天氣或者人體所處的環(huán)境，以及情緒、心態(tài)、睡眠，以及是否精神壓力過大、思想負(fù)擔(dān)過重等；
5、免疫功能調(diào)節(jié)異常。
綜上所述，幾種因素綜合使得免疫系統(tǒng)疾病的發(fā)病原因比較復(fù)雜，是一種比較難以治療的疾病。
