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小腸鏡檢查相對(duì)而言，比普通胃腸鏡檢查時(shí)間長(zhǎng)，因小腸長(zhǎng)度大概6m，需要經(jīng)口、經(jīng)肛兩頭進(jìn)行對(duì)接。通常完成經(jīng)口或者經(jīng)肛小腸鏡檢查，需要2-3個(gè)小時(shí)，但如果涉及到小腸鏡下治療，可能時(shí)間較長(zhǎng)。但如果此過(guò)程進(jìn)行較順利或者并無(wú)基礎(chǔ)腹部疾病，有時(shí)較快可在1小時(shí)左右時(shí)間實(shí)現(xiàn)貫通，即經(jīng)口進(jìn)行小腸鏡檢查從回盲部結(jié)腸位置腸鏡即可貫通，但此種案例相對(duì)較少。

通常腸鏡需要經(jīng)口進(jìn)行檢查，腸道的一半即前三組小腸時(shí)可進(jìn)行標(biāo)記注射，如放置血管夾，再經(jīng)肛進(jìn)行第二部分小腸鏡檢查直至?xí)衔恢?，完成全小腸對(duì)接，而經(jīng)口和經(jīng)肛小腸鏡可以分開(kāi)進(jìn)行。因如果同1天進(jìn)行時(shí)，患者可能麻醉時(shí)間較長(zhǎng)，導(dǎo)致整個(gè)過(guò)程可能需要5-6小時(shí)完全處在麻醉狀態(tài)下。