目前磁共振檢查幾乎可檢查所有部位。國(guó)外一篇文獻(xiàn)報(bào)道磁共振直接觀看皮膚癌，可將皮膚幾層結(jié)構(gòu)看清。但不是任何部位均需進(jìn)行磁共振檢查，磁共振檢查較有優(yōu)勢(shì)的地方為顱腦。腦磁共振提供的診斷，解剖，病理信息最為豐富、最有價(jià)值。
目前情況下，腦部其它任何檢查方法均無(wú)法超過磁共振。而國(guó)外目前主張，如果懷疑肝癌、懷疑肝內(nèi)有病變，應(yīng)做肝臟磁共振檢查，因其優(yōu)勢(shì)特別明顯。但對(duì)于前列腺、子宮附件、腎臟、胰腺檢查，超聲有超聲的優(yōu)勢(shì)，CT有CT的優(yōu)勢(shì)，磁共振有磁共振的優(yōu)勢(shì)。且在超聲、CT、磁共振相互之間提供的信息有一定互補(bǔ)性。在通常情況下，患者首先選擇最簡(jiǎn)單、最省錢的辦法，如超聲先篩查有無(wú)病變，篩查有病變后，再進(jìn)行CT平掃加增強(qiáng)，或磁共振平掃加增強(qiáng)，才可更精準(zhǔn)地提供更有針對(duì)性的信息。
