沙眼衣原體出現(xiàn)的非淋菌性的尿道炎，目前是臨床上比較常見的尿道炎的種類。治療推薦的藥物，患者可以通過口服的藥物，比如單次的阿奇霉素的治療，也可以通過序貫治療，比如連續(xù)口服紅霉素、羅紅霉素，或者大環(huán)內(nèi)酯類的抗生素治療，也可以獲得比較好的治療效果。
如果沒有，也可以選擇喹諾酮類的抗生素，比如氧氟沙星、左氧氟沙星或者莫西沙星，這類喹諾酮類的藥物也可以獲得比較好的治療效果，這是對沙眼衣原體引起尿道炎，常選擇的藥物治療種類。
因為衣原體或者沙眼衣原體，是最小的非細胞壁的小的微生物，是目前所知道的在細胞外生存的最小的微生物，沒有細胞壁的結構。
所以常規(guī)的抑制細菌細胞壁合成的抗生素，對治療沒有效果，比如常見的青霉素或者頭孢菌素類的藥物，對于沙眼衣原體這種微生物，沒有治療效果，所以一般不采用這樣的藥物治療。
