SCN2A基因突變，目前并沒有辦法治愈，但是臨床上可以針對患者的臨床表型，進行干預治療。SCN2A基因突變主要和癲癇有關，包括良性兒童家族性的癲癇病，以及癲癇腦病，如嬰兒痙攣癥等。主要影響人體鈉通道的功能，可以使用鈉通道相關的藥物進行治療，包括苯妥英鈉、卡馬西平、拉莫三嗪、唑尼沙胺等。
對于癲癇患者，尤其從兒童期開始，比較提倡的治療方法是生酮飲食。生酮飲食是低碳水化合物飲食的一種，即要少攝入碳水化合物的物質，如大米、小麥、面包類的制品，以及紅薯等，同時適當增加非淀粉性的青菜、蔬菜的攝入，如包菜。適當增加脂肪類和蛋白質的攝入，如肉類、禽蛋類的物質。
