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肺真菌病是真菌和人體免疫狀況互相斗爭(zhēng)的結(jié)果。大部分的肺真菌患者都患有免疫缺陷的基礎(chǔ)疾病，如腫瘤、糖尿病、免疫結(jié)締組織疾病、HIV等。

有免疫缺陷的患者抗真菌治療后預(yù)后不佳，因?yàn)榛颊叱艘邮芸拐婢委熗?，還需接受基礎(chǔ)疾病的治療。如果患者在抗真菌治療同時(shí)，基礎(chǔ)疾病也得到緩解，免疫功能也得到恢復(fù)，則預(yù)后較好。如果患者在抗真菌治療同時(shí)，自身免疫狀況未得到改善，預(yù)后則不佳。