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試管嬰兒和正常自然受孕出生的嬰兒在基因突變方面沒有明顯差異，即正常受孕出生的嬰兒可能出現(xiàn)基因突變，試管嬰兒也會(huì)出現(xiàn)基因突變，試管嬰兒不會(huì)增加基因突變的概率。目前文獻(xiàn)報(bào)道試管嬰兒出生后的缺陷或者其他疾病發(fā)病的風(fēng)險(xiǎn)，都和自然懷孕出生的嬰兒發(fā)生概率一致。

其實(shí)基因突變是所有生物類都會(huì)存在，如受自然界影響，包括飲食、環(huán)境、作息，每個(gè)人都會(huì)有基因突變的情況，這是人類在繁衍過程中自然的過程，不是所有基因突變都存在問題，或者導(dǎo)致疾病。因此從生物學(xué)的角度上允許存在基因突變，只是部分基因突變可能增加發(fā)生某些疾病的概率，但自然受孕的嬰兒和試管嬰兒出現(xiàn)基因突變的概率沒有顯著性差異。