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通常Y染色體異常無法進行治療，屬于先天性疾病，Y染色體微缺失可能會影響男性生育能力。臨床常見Y染色體A區(qū)、B區(qū)、C區(qū)缺失，會影響睪丸神經(jīng)功能，導(dǎo)致無精子癥或者重度少精子癥，進而影響男性正常生育功能，但對于男性其他部位健康、性功能不會造成影響。對于有生育要求患者，需要通過試管嬰兒或者其他輔助生殖方式獲得后代。

如果患者存在Y染色體微缺失導(dǎo)致無精子癥，此時需要通過手術(shù)方式尋找精子，再進行試管嬰兒。如果發(fā)生Y染色體A區(qū)、B區(qū)缺失，則找到精子概率較低，不建議進行手術(shù)，此時可以通過精子庫供精獲得后代。如果為Y染色體C區(qū)缺失，可以通過睪丸顯微取精方式尋找精子。通常Y染色體微缺失，不建議使用藥物治療，因藥物治療無效，無法通過藥物改變?nèi)旧w缺失情況，同時也無法改善睪丸神經(jīng)功能。