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先天性肺囊腫的病因目前還不是特別清楚，各種各樣研究表明與環(huán)境因素有關(guān)，少部分病人與遺傳因素有關(guān)系，但是總體來說原因不是特別清楚。

研究發(fā)現(xiàn)可能是由于胎兒在孕期感染某種病毒，導致肺、支氣管發(fā)育過程在某階段停止，出現(xiàn)肺囊腫。因為停止發(fā)育的部位不一樣，所以分型也不一樣，從病理學上或者影像學上表現(xiàn)也不一樣，所以肺囊腫可大可小、可高可低、可內(nèi)可外。先天性肺囊腫的原因很多，還需要醫(yī)務(wù)人員不懈努力探求。