絕大部分肛瘺都需要通過手術(shù)治療，較少采取保守治療，且絕大多數(shù)肛瘺都能夠治愈。根據(jù)肛瘺種類、嚴(yán)重程度，臨床需要根據(jù)分類選擇恰當(dāng)?shù)氖中g(shù)方式。如果可以選擇恰當(dāng)?shù)氖中g(shù)方式，絕大部分肛瘺都可以一次性治愈。少數(shù)復(fù)雜高位肛瘺，可能需要一次或多次手術(shù)進(jìn)行治療，但最后都能有比較好的效果。
肛瘺的治愈也和其它因素有關(guān)，比如人自身免疫功能以及愈合能力等。另外和人體自身營養(yǎng)狀況有關(guān)，如老年人愈合能力差，所以時間較長，甚至有的持續(xù)不愈合，而小孩子或年輕人、青壯年相對治療效果較好。還有些人合并有糖尿病、潰瘍性結(jié)腸炎、克隆氏病等，導(dǎo)致肛瘺治療效果較差。如果充分治療原發(fā)病，可以使肛瘺治療效果較好，使其能夠完全得到治愈。
