急性腸胃炎藥物治療主要針對病因學，其病因學具體有以下幾種：
1、細菌性感染：如沙門氏菌、革蘭氏陰性桿菌或金黃色葡萄球菌感染時，需服用較廣譜的抗生素，如喹諾酮類藥物中的利復星等，也可邊診斷邊治療，還可留取大便培養(yǎng)、血培養(yǎng)，做藥敏學實驗；
2、病毒性感染：輪狀病毒或諾瓦克病毒感染，雖然沒有特異性的抗病毒治療，但可對癥治療，如患者出現惡心、嘔吐、腹瀉，可以給予抑制胃酸分泌、保護腸黏膜和胃黏膜、增加腸道有益菌群的治療，即可以口服法莫替丁、奧美拉唑(奧美拉唑腸溶膠囊)、腸黏膜保護劑如鋁鎂加混懸液等。如果存在腸道菌群紊亂，還可及時補充腸道有益菌群如培菲康(雙歧桿菌三聯(lián)活菌散)等。如果一次性大量地失水較多，可口服補液鹽補充水分及電解質。
