臨床上氣管鏡其中的一個重要作用為明確感染原因，對于支氣管、氣管內膜結核，氣管鏡是一種較好的診斷方法，但反過來講，并非做氣管鏡即能診斷所有結核、肺結核，也有很多結核，需要通過多種手段綜合判斷是否為肺結核。如果是支氣管內的內膜結核，在支氣管鏡直視下可以看到內膜符合結核的病變，如干酪樣壞死，黏膜的變化等。另外，在病變部位可以取活檢送病理，從病理角度證實是否符合肺結核的病理學改變。在病變部位可以收集肺泡灌洗液，也可以做病原學培養(yǎng)，如結核分枝桿菌培養(yǎng)，做結核分枝桿菌的耐藥，抗酸的染色，甚至做基因檢測，以從基因診斷是否為肺結核。
