導致腎結石的原因很多，大致的原因包括兩個因素，即成石因素的增多和溶石因素的減少。
1、成石因素的增多：成石因素包括形成腎結石的因素、鈣的代謝問題等，鈣的代謝問題是指鈣鹽的析出增多，如運動少、吃的補鈣的產品多。還有膦酸鹽、草酸鹽、尿酸鹽和胱氨酸鹽分泌障礙，這種分泌的障礙有先天的，如胱氨酸鹽的代謝紊亂。炎癥導致膦酸鹽的排泄增多，尿酸鹽分泌障礙會導致痛風、高尿酸血癥等，草酸鹽就是飲食的問題。還有一個是腎臟的結構問題，包括腎盂結構、腎盞結構，使腎臟排出的尿液流出不通暢，容易導致結石析出；
2、溶石因素的減少：喝水太少導致尿比較濃，也是導致腎結石產生的原因。
