一般膿腫初期采用保守治療，局部保守治療即局部清洗以及肛門局部，或者直腸內(nèi)塞栓劑，比如用甲硝唑栓或者野菊花栓等。通過局控制炎癥達(dá)到保守治療的目的，也可以口服消炎藥，比如口服氟哌酸等，嚴(yán)重者可以采用輸液。如果炎癥控制不佳，膿腫進(jìn)一步加劇，必須采用手術(shù)。
中醫(yī)膿腫早期采用清熱解毒方法，比如用牛黃清胃丸、黃連上清片等。膿已經(jīng)形成，主張托毒外出，可用拔毒膏等。晚期采用補(bǔ)法，因?yàn)槟撆懦龊髾C(jī)體會(huì)比較弱。治療膿腫的三個(gè)原則是消、托、補(bǔ)，這是中醫(yī)治療的原則。而西醫(yī)治療原則早期采用保守治療、抗炎治療，膿形成切開排膿，形成瘺再進(jìn)行瘺管切除。膿腫保守治療主要是局部用藥或者全身用藥，用藥目的都是為消除膿腫、消除炎癥。
