除巧克力囊腫已知是子宮內膜異位引起，其他的右側卵巢囊腫只能通過手術切除查看性質來源，出現右側卵巢囊腫的原因目前不清楚，主要包括生理性囊腫和病理性囊腫，具體如下：
1、生理性囊腫：一般指濾泡囊腫、黃體囊腫，此2種囊腫是由于排卵后形成黃體造成，生理性囊腫會隨著月經消失；
2、病理性囊腫：是增長的囊腫，由于基因問題或者其他問題出現右側卵巢囊腫，目前的病因并不清楚，此種囊腫以上皮性最常見，還包括漿液性、黏液性囊腫，還有生殖細胞來源的囊腫，如囊性畸胎瘤或纖維泡沫細胞瘤等。
此外，比較常見的巧克力囊腫，即子宮內膜異位囊腫，所謂子宮內膜異位囊腫，稱為巧克力囊腫是由于異位的子宮內膜在卵巢上，通過出血形成周圍包裹，再經過吸收的過程，剩下的陳舊血極像巧克力色的黏稠液體。
