肺部真菌感染比細菌感染難治，但真菌較少引起肺部感染，一般免疫力正?；颊卟灰壮霈F(xiàn)真菌感染，自身免疫力低下時才易患肺部真菌感染。肺部真菌感染和細菌感染療程相比較長，而且藥物選擇有一定區(qū)別，相對而言比較難治。
對結(jié)構(gòu)性肺病，若自身肺部結(jié)構(gòu)破壞，在免疫力低下情況容易發(fā)生真菌寄生、定植。治療結(jié)束基礎(chǔ)疾病控制較差，抵抗力低下時容易反復(fù)，所以真菌感染療程相對較長、治療比較困難。在機體免疫受損情況合并真菌感染，需要用抗真菌藥物來進行治療，此時比細菌感染難治。
