治療霉菌性陰道炎最有效的藥物，為克霉唑類(lèi)藥物，如克霉唑陰道膨脹栓，還有凱妮汀(克霉唑陰道片)和制霉菌素，口服的藥物有氟康唑。在經(jīng)期、有霉菌性陰道炎的感染，以及沒(méi)有性生活的女性用口服藥物治療。已婚、有性生活、陰道感染癥狀較嚴(yán)重女性，可以陰道局部上藥。治療霉菌性陰道炎的藥物較有效，治療針對(duì)性也較強(qiáng)，但是霉菌性陰道炎容易復(fù)發(fā)。
霉菌性陰道炎的用藥是周期性治療，發(fā)現(xiàn)霉菌性陰道炎復(fù)發(fā)時(shí)，用藥1周左右就能治愈，但1個(gè)月后還要重復(fù)用藥，不用查陰道炎、霉菌性陰道炎是否復(fù)發(fā)，不復(fù)發(fā)也要重復(fù)性給藥，反復(fù)給3-6個(gè)月的藥才能徹底治愈。
