氣管鏡一個較重要作用為在氣管鏡下取活檢，取組織送到病理科進(jìn)行病理診斷，甚至做基因檢測。一般取病理活檢組織送病理科要經(jīng)過一個復(fù)雜過程，最終才能拿到結(jié)果。目前大部分氣管鏡活檢需要3個工作日有結(jié)果，但如果進(jìn)一步做相應(yīng)分子檢測、免疫組化染色或者做特殊的染色，則需要延長出結(jié)果時間，在1周以內(nèi)大概能拿到病理結(jié)果。
另外，在氣管鏡下活檢有時取到的并不是理想組織，或者病變部位本身不容易取，可能需要反復(fù)取，進(jìn)而導(dǎo)致多次活檢送病理，因此也可能會延長出報告的時間。氣管鏡下有時可以看到管腔內(nèi)的直接病變?nèi)〉交顧z，也有縱隔或者其它遠(yuǎn)端的疾病，可能需要借助于超聲支氣管鏡、超聲小探頭。在上述情況下取得的病理組織，以及先進(jìn)的導(dǎo)航技術(shù)等，引導(dǎo)到病變部位取到合適組織送進(jìn)一步活檢。
