毛囊炎一般掛皮膚科，毛囊炎是皮膚表面的毛囊炎癥，而毛囊屬于皮膚附屬器官，所以毛囊炎是皮膚科醫(yī)生診治。毛囊炎有很多種類，有由細菌感染或真菌感染引起的毛囊炎，如糠秕馬拉色菌感染引起的孢子菌毛囊炎，屬于真菌感染的毛囊炎。還有一些非感染性毛囊炎，比如嗜酸性毛囊炎等，所以一般皮膚科醫(yī)生比較有經驗，可以通過臨床經驗或者相關檢查來明確毛囊炎病因，進行針對性治療。細菌感染應給予抗菌素內服、外用；治療真菌感染可以使用抗真菌藥物內服、外用，這樣對癥下藥才能取得比較好的效果。
有的醫(yī)院特別是小醫(yī)院可能分科不是特別細，有的甚至沒有皮膚科，這時毛囊炎患者就診也可以掛普通外科。包括感染性癤、疣、蜂窩織炎等都可以在普通外科就診，一般也是進行抗菌、消炎治療，如果局部出現明顯化膿、膿腫，外科還可以進行切開排膿處理，但如果醫(yī)院有皮膚科，一般毛囊炎首選掛皮膚科。
