肛瘺一般通過患者的病史及臨床體征都能有明確的診斷，絕大多數(shù)肛瘺患者有肛周膿腫的病史，表現(xiàn)為破潰、流膿，肛門部檢查可觸及條索狀腫塊向肛門部延伸。復雜性肛瘺有時仍需要跟以下疾病相鑒別：
1、肛門周圍化膿性疾病：它會形成皮下多發(fā)的復雜竇道，病變在肛門皮膚和皮下層，可見汗腺、毛囊有化膿性炎癥，皮膚多呈暗褐色，大面積的慢性炎癥，切開排膿可加速愈合；
2、骶尾部瘺：通常因為臀部損傷或毛囊的感染在骶尾部形成膿腫，破潰后形成瘺道，管道通常在骶尾筋膜深部和皮下組織蔓延擴散，臨床檢查過程中不會發(fā)現(xiàn)沒有內(nèi)口，這是鑒別的重要的因素；
3、骶尾部畸胎瘤：先天性疾病，多為青壯年時期發(fā)病，在肛門后尾骨前有一個外口，管道向直腸后骶骨前走行，通常沒有內(nèi)口。特征性的表現(xiàn)是在手術(shù)過程中可以看到管腔內(nèi)有毛發(fā)、牙齒、骨骼等；
4、骶髂骨結(jié)核：通常在肛門部破潰流出稀薄的膿汁，管道較深，通向直腸后間隙，可伴腰痛，患者血沉快，長期有低熱、盜汗、消瘦等癥狀，臨床容易誤診為復雜性肛瘺。
