肛瘺可以治愈，但是肛瘺保守治療只能緩解癥狀，達不到根治目的。如果要想根治肛瘺，主要采取手術(shù)治療。肛瘺是肛腸科最常見的疾病，一旦確診為肛瘺，治療有效辦法就是手術(shù)。除此之外，還沒有任何保守療法可以達到完全治愈。
單純性肛瘺，一般術(shù)后都可以一期愈合。而復(fù)雜性肛瘺，術(shù)后若未能徹底切除瘺管，未能徹底清除感染的壞死組織，則非常容易復(fù)發(fā)。
有些復(fù)雜性肛瘺可能需要多次手術(shù)，一個復(fù)雜性肛瘺可以通過多次手術(shù)，讓其簡化為簡單肛瘺，再進行根治性手術(shù)切除，從而達到最終的肛瘺愈合。
