無痛胃鏡的麻醉對大多數(shù)人沒有危害，少數(shù)人在做無痛胃鏡時會出現(xiàn)血壓降低、心率減慢等不良反應(yīng)。無痛胃鏡的麻醉是靜脈麻醉，麻醉藥物由靜脈注入體內(nèi)，使病人快速睡眠，十幾分鐘后胃鏡檢查結(jié)束，病人會快速醒來。無痛胃鏡常用的麻醉藥物是丙泊酚，這種藥物起效快、代謝快，主要通過腎臟快速代謝，對病人幾乎沒有損害。
無痛胃鏡不適合所有人做，有心、肺疾患的病人不適合做無痛胃鏡。如果病人有竇性心動過緩、心功能不全、心肌病，以及肺部疾患，如哮喘、慢性支氣管炎、慢性阻塞性肺病，不能做無痛胃鏡。腦血管疾病的病人也不適合做無痛胃鏡，特別是年齡較大、80歲以上的老年病人與兒童可以做無痛胃鏡。
