電子胃鏡對大部分病人的身體幾乎沒有太大影響。電子胃鏡分普通胃鏡和麻醉胃鏡兩種情況，如果是麻醉胃鏡，需要麻醉師給一些麻醉藥物，病人做胃鏡前是處于睡覺的狀態(tài)，所有的過程都是醫(yī)生來掌握，病人幾乎沒有任何感覺。直到胃鏡做完，麻藥反應(yīng)消失，這個過程也就結(jié)束了，病人幾乎沒有什么不適感。但也有少部分病人由于麻醉的反應(yīng)，可能做完后會有點麻醉后的效應(yīng)，比如頭暈。所以如果是做麻醉胃鏡，會需要家屬陪同，在做完胃鏡后需要攙扶病人在安全的地方休息，另外也不能開車。
普通胃鏡也不是絕對不麻醉，醫(yī)生會讓病人喝一點口服的麻醉藥，其實也能緩解病人的不適感。這種不適感主要是在嗓子的部位有點刺激的感覺，有點惡心、想吐。但是這時病人應(yīng)該配合醫(yī)生，只要把嗓門增大，不要與醫(yī)生的動作抵抗，只要過了咽喉部，不適感就會明顯減輕。一般醫(yī)生如果發(fā)現(xiàn)有可疑的情況或者病灶，也會取病理活檢，就是取一點點組織進(jìn)行后面的檢查，做活檢一般也不會造成病人的疼痛。
有極個別可能會造成胃穿孔，這是最嚴(yán)重的情況。但發(fā)生這種情況的幾率非常非常低，也不用過于擔(dān)心。
