阻塞性黃疸需明確病因后采取相應的治療手段，結石性阻塞性黃疸可以常規(guī)取石治療，但阻塞性黃疸最常見原因是良惡性腫瘤，分類非常多，如部分良性腫瘤里需要手術治療，部分自身免疫性疾病需藥物治療。如果黃疸很高，也要通過外科手段甚至內鏡手段先進行減黃治療。
如果是惡性腫瘤導致阻塞性黃疸，建議做根治性手術，包括膽管癌、胰頭癌或十二指腸壺腹惡性腫瘤，均可通過手術方式治療。如果無法耐受手術，也可以通過外引流減輕黃疸，因嚴重阻塞性黃疸對病人肝臟損害非常大，一旦出現(xiàn)肝臟功能衰竭，可能生存時間上會影響非常大。
