對于大多數(shù)的胃腸道疾病主要是對癥治療，很少能夠達(dá)到治愈目的。所以針對這類疾病主要是預(yù)防為主，養(yǎng)成正確的生活習(xí)慣，減少發(fā)病。針對功能性消化不良不同病因，需要針對這些病因進(jìn)行對癥治療。比如胃腸動(dòng)力功能紊亂，需要用促動(dòng)力藥或雙向調(diào)節(jié)藥；針對Hp感染也就是幽門螺桿菌感染，可能要采取根除幽門螺桿菌的治療；針對胃酸分泌異常，可能要使用H2受體阻斷劑或質(zhì)子泵抑制劑進(jìn)行抑酸治療；針對精神和心理的障礙，有時(shí)要采取針對心理調(diào)整、藥物治療等。如果有嚴(yán)重的精神心理障礙，需要到精神專科進(jìn)一步咨詢治療。
功能性消化不良和器質(zhì)性消化不良有區(qū)別，器質(zhì)性消化不良是患者有消化不良的癥狀，而且這些消化不良癥狀有一些相應(yīng)的器質(zhì)性疾病，比如由潰瘍病、腫瘤等引起。
功能性消化不良的患者有消化不良癥狀，但是通過影像學(xué)、生化學(xué)等檢查沒有發(fā)現(xiàn)器質(zhì)性及生化代謝的疾病，所以這類患者稱為功能性消化不良。
功能性消化不良引起的原因主要有以下幾種：第一是胃腸道的動(dòng)力功能障礙；第二是幽門螺桿菌感染；第三是內(nèi)臟感覺異常；第四包括精神心理因素；第五是酸等分泌的功能異常。
功能性消化不良主要是由于功能性或者一系列的其他問題，比如心理障礙等引起的癥候群，主要表現(xiàn)為四個(gè)主要癥狀，即上腹脹、上腹痛、早飽和腹脹。針對這類疾病，先要注意正確認(rèn)識(shí)疾病，比如這種疾病由于心理障礙引起就進(jìn)行一系列的心理調(diào)整，養(yǎng)成正確生活方式，對疾病有正確認(rèn)識(shí)。
