腦囊腫的臨床癥狀與囊腫的部位十分相關(guān)，常見部位包括外側(cè)裂、橋小腦區(qū)、顳極、四疊體區(qū)、小腦蚓部、鞍區(qū)和鞍上、雙側(cè)半球間、大腦突面、斜坡等。
多數(shù)病變于兒童早期就出現(xiàn)癥狀，包括顱內(nèi)壓增高的癥狀，比如頭痛、惡心、嘔吐、嗜睡等，癲癇發(fā)作，顱骨的膨凸，占位效應(yīng)會(huì)引起局部的癥狀或者是體征。
如果囊腫在鞍上，還可以表現(xiàn)為腦積水、發(fā)育遲緩、性早熟等，視力障礙也可以在一些患者中表現(xiàn)。如果囊腫破裂出血，流入囊內(nèi)或者是蛛網(wǎng)膜下腔，這些情況下比較危險(xiǎn)，這個(gè)病情比較嚴(yán)重。
