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膽道閉鎖的原因尚不明確，考慮與某些病毒感染、胚胎因素，以及基因突變相關(guān)。某些情況下胎兒膽道已經(jīng)發(fā)育完全，但由于病毒的感染，如巨細(xì)胞病毒、輪狀病毒，導(dǎo)致肝內(nèi)膽管的炎癥，容易出現(xiàn)膽道閉鎖。
此外，胚胎的因素在胎兒發(fā)育過程中導(dǎo)致膽道的閉鎖，某些基因的突變也會導(dǎo)致膽道出現(xiàn)閉鎖、還有一些誘發(fā)的因素，如在胚胎的過程中有毒物質(zhì)的侵襲，胎兒免疫系統(tǒng)受損。
一些女嬰也比較多見，種族以亞裔較為常見，膽道閉鎖也多發(fā)生于早產(chǎn)兒。