肺結(jié)核痰培養(yǎng)陰性，可能見于多種情況，有跟肺結(jié)核疾病本身有關(guān)的因素，也有可能跟患者有關(guān)的因素。跟患者有關(guān)的因素，比如留痰的標本不是規(guī)范、合格的標本，跟結(jié)核病有關(guān)的因素，可能相對要復雜。
有一種情況，比如肺結(jié)核痰培養(yǎng)是陰性，如果患者既往有明確的肺結(jié)核癥狀和體征，痰培養(yǎng)陽性。經(jīng)過積極正規(guī)的治療以后，連續(xù)多次痰培養(yǎng)或者痰涂片陰性，這種情況是一種治療有效的情況，是一個好轉(zhuǎn)的信號。另外，還有一部分病人，痰培養(yǎng)陰性，是活動性肺結(jié)核患者，有時候稱為菌陰肺結(jié)核。一般來說，菌陰肺結(jié)核是指至少三次痰涂片以及一次痰培養(yǎng)，陰性的活動性肺結(jié)核。
